Ne suunniteltiin alun perin osaksi alkemiaa tai prototiedettä (esitiede), joka kehittyi myöhemmin kemiaksi. 18-luvulle asti edellä mainittuja symboleita käytettiin osoittamaan tiettyjä alkuaineita ja yhdisteitä. Symbolit vaihtelivat hieman alkemistien merkinnöissä, joten tähän päivään asti tunnetut symbolit ovat tulosta näiden merkkien standardoinnista.
Paracelsuksen mukaan nämä merkit tunnetaan nimellä kolme ensimmäistä:
suola - merkitsee aineen pohjaa - merkitty ympyrän muotoon, jossa on selvästi merkitty vaakasuora halkaisija,
elohopea, eli nestemäinen sidos korkean ja matalan välillä, on ympyrä, jonka yläosassa on puoliympyrä ja alaosassa risti,
rikki - elämän henki - kolmio, joka on yhdistetty ristillä.
Seuraavat ovat maan elementtien symbolit, kaikki kolmioiden muodossa:
Metallit, jotka on merkitty planeettojen ja taivaankappaleiden symboleilla:
Alkemiallisiin symboleihin kuuluvat myös:
Ouroboros on käärme, joka syö omaa häntäänsä; alkemiassa se symboloi jatkuvasti uusiutuvaa aineenvaihduntaprosessia; se on viisasten kiven kaksos.
Heptagrammi - tarkoittaa seitsemää planeettaa, jotka alkemistit tunsivat muinaisina aikoina; niiden symbolit näkyvät yllä.